Baja médica: qué debe hacer la empresa y quién paga
Cuando una persona de tu plantilla se pone de baja, la empresa ya no recibe el parte en papel: desde el 1 de abril de 2023, el INSS le comunica la baja por vía electrónica como máximo el primer día hábil siguiente, y la empresa tiene 3 días hábiles para enviarle por el Sistema RED los datos que le corresponden. En una baja por enfermedad común, los tres primeros días no tienen prestación salvo que el convenio la mejore, del 4.º al 15.º día paga la empresa el 60 % de la base reguladora, y desde el 16.º paga el INSS o la mutua (60 % hasta el día 20 y 75 % desde el 21), aunque es la empresa quien lo adelanta en la nómina. Desde el 1 de diciembre de 2026 cambia, además, el cálculo de la base reguladora.
Este artículo es la guía práctica para la empresa, paso a paso. Si buscas cómo encajar la baja con los permisos de nacimiento y cuidado en el registro y en la nómina, lo resumimos en baja médica y permiso de nacimiento de 19 semanas.
¿Qué tiene que hacer la empresa cuando un empleado se pone de baja?
- Recibir la comunicación del INSS. El médico del servicio público de salud (o el de la mutua, si la baja es por accidente de trabajo o enfermedad profesional) emite el parte y entrega una copia solo a la persona trabajadora. El INSS comunica a la empresa los datos administrativos de la baja como máximo el primer día hábil siguiente al de su recepción, por vía electrónica. La persona ya no tiene que traerte el parte: así lo establece el artículo 7 del Real Decreto 625/2014, en la redacción del Real Decreto 1060/2022.
- Enviar tus datos por el Sistema RED en 3 días hábiles desde que recibes la comunicación de la baja. Son los datos que fija la orden ministerial de desarrollo y que el INSS necesita para gestionar la prestación. No hacerlo puede constituir una infracción del artículo 21.4 de la LISOS. Si te lleva la nómina una asesoría, normalmente lo hace ella: asegúrate de que conoce la baja ese mismo día, como explicamos en asesorías y gestorías.
- Si es un accidente de trabajo con baja, comunicar además el parte de accidente por el sistema Delt@ en 5 días hábiles desde la fecha del accidente o de la baja médica (Orden TAS/2926/2002).
- Registrar la ausencia en el control horario como baja (IT), con su fecha de inicio y sin ningún dato médico.
- Aplicar en la nómina los tramos de pago que verás más abajo y el complemento del convenio, si lo hay.
- Esperar los partes de confirmación y el alta, que también te comunica el INSS: la empresa no tiene que pedirlos.
Lo que no cambia es que la persona tiene que avisar de que no va a ir a trabajar. Conviene que el convenio o tus normas internas digan cómo y a quién avisa, para que la ausencia no figure como injustificada mientras llega la comunicación del INSS.
¿Cada cuánto llegan los partes de confirmación?
El médico estima la duración de la baja al emitirla, y de esa estimación depende el calendario de revisiones (artículo 2.3 del Real Decreto 625/2014). Todos los plazos son en días naturales:
| Duración estimada | Primera revisión | Partes de confirmación siguientes |
|---|---|---|
| Menos de 5 días | Baja y alta en el mismo parte: el alta puede ser ese día o hasta 3 días después | No hay |
| De 5 a 30 días | Como máximo 7 días después de la baja | Cada 14 días como máximo |
| De 31 a 60 días | Como máximo 7 días después de la baja | Cada 28 días como máximo |
| 61 días o más | Como máximo 14 días después de la baja | Cada 35 días como máximo |
Para la empresa, la tabla sirve sobre todo para prever: una baja estimada en más de 30 días obliga a reorganizar turnos y vacaciones del equipo con tiempo, sin esperar a cada confirmación.
¿Quién paga cada día de la baja?
Depende de si la baja es por contingencias comunes (enfermedad común o accidente no laboral) o por contingencias profesionales (accidente de trabajo o enfermedad profesional). Los porcentajes se aplican sobre la base reguladora diaria:
| Día de la baja | Quién paga | Porcentaje |
|---|---|---|
| Comunes: días 1 a 3 | Nadie por ley; la empresa, si el convenio lo mejora | 0 % o el complemento del convenio |
| Comunes: días 4 a 15 | La empresa, a su cargo | 60 % |
| Comunes: días 16 a 20 | INSS o mutua; la empresa lo adelanta en nómina (pago delegado) | 60 % |
| Comunes: desde el día 21 | INSS o mutua, en pago delegado | 75 % |
| Profesionales: día de la baja | La empresa | Salario íntegro |
| Profesionales: desde el día siguiente | Mutua o INSS, en pago delegado | 75 % |
Un ejemplo. Una persona con una base de cotización de 1.800 € en el mes de referencia tiene una base reguladora diaria de 60 € (1.800 ÷ 30). Si está de baja por enfermedad común 25 días, la prestación es de 36 € al día del 4.º al 20.º (60 % de 60 €) y de 45 € desde el 21.º (75 %). La empresa asume de su bolsillo los días 4 a 15: 12 × 36 € = 432 €. Lo que adelanta desde el día 16 (5 × 36 € + 5 × 45 € = 405 €) lo recupera compensándolo en la liquidación de cuotas a la Seguridad Social.
Dos matices. En enfermedad común, la prestación exige haber cotizado 180 días en los cinco años anteriores; en accidente de trabajo no hay periodo mínimo. Y muchos convenios obligan a la empresa a complementar la prestación hasta el 75 % o el 100 % del salario desde el primer día o desde un día concreto, a veces con límites por número de bajas al año. Si no tienes claro cuál es el tuyo, empieza por qué convenio colectivo se aplica a tu empresa.
La empresa puede verificar el estado de salud alegado mediante un reconocimiento a cargo de personal médico, y si la persona se niega, puede suspender los complementos que pague ella (artículo 20.4 del Estatuto de los Trabajadores). La prestación pública no depende de esa verificación.
¿Qué cambia el 1 de diciembre de 2026?
El Real Decreto-ley 31/2026, publicado en el BOE el 21 de octubre, modifica la Ley General de la Seguridad Social con efectos desde el 1 de diciembre de 2026 en dos puntos que afectan a la empresa:
- Base reguladora. En contingencias comunes deja de usarse la base de cotización del mes anterior a la baja y pasa a usarse la del mes inmediatamente anterior al mes previo. Para una baja que empiece el 10 de diciembre de 2026, se toma la base de octubre, no la de noviembre. En contingencias profesionales se toma la base de ese mismo mes sin horas extraordinarias, dividida entre sus días, y se le suma el importe de las horas extraordinarias del año anterior a ese mes previo, dividido entre 365.
- Dos nuevas situaciones especiales de IT: la patología limitante por trastorno menopáusico secundario y las lesiones derivadas de la violencia de género, esta última acreditada con documentación oficial (orden de protección, comunicación a la Fiscalía o al juzgado, sentencia, entre otras). Se suman a las que ya existían, como la menstruación incapacitante secundaria o la gestación desde la semana 39. En estas situaciones la empresa paga solo el salario del día de la baja y la entidad gestora o la mutua abona el subsidio desde el día siguiente, sin el tramo de los días 4 a 15 a cargo de la empresa.
Como todo real decreto-ley, tiene que convalidarlo el Congreso (con las Cortes disueltas, su Diputación Permanente) en los 30 días siguientes a su promulgación. Si esa votación cambia algo, lo actualizaremos aquí.
¿Cómo se refleja la baja en el registro de jornada?
Durante la baja el contrato está suspendido: la persona no ficha y no se le puede pedir que trabaje. En el registro, la ausencia se anota como baja (IT) desde la fecha de inicio hasta la del alta, para que esos días no aparezcan como olvidos de fichaje ni como faltas. Si la persona se pone enferma a mitad de jornada, el fichaje de salida de ese día y la fecha de la baja tienen que cuadrar.
La baja es un dato relacionado con la salud, así que trátalo con cuidado. La empresa no recibe el diagnóstico y no debe pedirlo; en el registro basta con "baja" o "IT", y para la nómina, si es por contingencias comunes o profesionales. Limita quién ve el motivo de la ausencia: el equipo solo necesita saber que la persona no está. Para el cierre del mes, las bajas tienen que estar cargadas con sus fechas antes de pasar las variables a la nómina, como contamos en el cierre mensual del registro de jornada.
Las bajas cuentan en los indicadores de absentismo laboral, pero no son un motivo para presionar a nadie: desde la Ley 15/2022, de igualdad de trato, la enfermedad es una causa de discriminación, y un despido motivado por la baja puede declararse nulo.
¿Qué pasa con las vacaciones si coinciden con la baja?
Si la baja coincide con las vacaciones fijadas en el calendario e impide disfrutarlas, la persona puede tomarlas cuando termine la baja, aunque haya pasado el año, siempre que no hayan transcurrido más de 18 meses desde el final del año en que se generaron (artículo 38.3 del Estatuto). Si la baja es por embarazo, parto, lactancia o el permiso por nacimiento, puede disfrutarlas al terminar aunque haya acabado el año natural. Lo explicamos en vacaciones: 30 días naturales.
Alta médica y reincorporación
El alta la emite el médico del servicio público de salud (o, en contingencias profesionales, el de la mutua), y el INSS te comunica sus datos como máximo el primer día hábil siguiente al de su expedición. El alta tiene efectos laborales al día siguiente de su emisión: ese día la persona tiene que reincorporarse (artículos 5 y 7 del Real Decreto 625/2014). Si no se incorpora y no justifica la ausencia, ese día ya no es baja, sino una ausencia que se trata según el convenio.
En el registro, el primer fichaje después del alta cierra la ausencia. Si la persona vuelve con una reducción de jornada o una adaptación, actualiza su horario antes de ese día para que el control horario compare con la jornada correcta.
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